慈圣庵地处万年寺出山门左下150米处，海拔970米。为明万历21年（公元1593年）时无穷禅师创建，珍藏有万历皇帝之母慈圣皇太后御赐的经典、袈裟、供器等。因寺内祀明神宗母慈圣太后像而得名，规模较小，清代曾扩建。到民国初期，寺院因破烂不堪， 1932年被拆除。1940年，能海法师募捐重建（1956年，新峨眉山佛教协会成立时，能海法师被礼请为名誉会长）。新中国又多次维修，寺宇一新。“文革”期间，僧人被迫离寺，该寺无人管理，村民长期占用，直到2000年，慈圣庵才交还峨眉山佛教协会管理。2001年，峨眉山佛教协会对慈圣庵进行了全面维修，整修殿堂，重塑佛像，成就现在规模。